其他的政府部门包括民政事务总署、海事处、民航处、天文台及政府新闻处亦经常使用飞行服务队的直升机。特区行政长官在视察偏僻地区时，亦会乘坐飞行服务队的直升机。
为民航处执行的工作包括机场跑道目视导航设备测试，这类飞行包括为有关机场入口的夜间照明情况作空中拍摄工作，藉以视察其状况。
飞行服务队定期为天文台提供天气数据收集服务，涵盖香港国际机场的进场和离场路径，以及热带气旋内的天气数据。
飞行服务队亦协助海事处查察涉嫌在本港水域排出油污的船只。有需要时，还可在海面上散放化油剂以协助清理油污。
此外，飞行服务队为重要访客所做的工作亦相当多；因为大部分这类访客都希望能在最短时间内遍览香港，而只有直升机才能做到这点。外国政府部长及重要官员到访时，往往都会乘搭飞行服务队的直升机。