其他的政府部門包括民政事務總署、海事處、民航處、天文台及政府新聞處亦經常使用飛行服務隊的直升機。特區行政長官在視察偏僻地區時，亦會乘坐飛行服務隊的直升機。
為民航處執行的工作包括機場跑道目視導航設備測試，這類飛行包括為有關機場入口的夜間照明情況作空中拍攝工作，藉以視察其狀況。
飛行服務隊定期為天文台提供天氣數據收集服務，涵蓋香港國際機場的進場和離場路徑，以及熱帶氣旋內的天氣數據。
飛行服務隊亦協助海事處查察涉嫌在本港水域排出油污的船隻。有需要時，還可在海面上散放化油劑以協助清理油污。
此外，飛行服務隊為重要訪客所做的工作亦相當多；因為大部分這類訪客都希望能在最短時間內遍覽香港，而只有直升機才能做到這點。外國政府部長及重要官員到訪時，往往都會乘搭飛行服務隊的直升機。