飛行服務隊的其中一項主要職責是進行搜索及拯救行動。雖然飛行服務隊的職責範圍涵蓋香港以南1300公里的大部分南中國海，但其搜索及拯救行動主要集中在香港周圍400公里以內的水域。
挑戰者605型定翼機(CL605) 用於長距離搜索及救援行動，負責進行初步搜索。挑戰者605型定翼機會首先抵達現場及作為搜救現場的空中指揮，以引領Airbus H175直升機到現場加入搜救行動。如果遇事地點超出Airbus H175直升機的搜救範圍，挑戰者605型定翼機會要求附近之商船提供協助。
至於近岸的搜救行動，飛行服務隊的Airbus H175直升機都會經常在黎明或黑夜時分奉召搜索迷途或受傷的旅行或攀山人士。這些拯救工作，有時還要在新界的高山險嶺、交通不便的地區或離島各處，用吊升方法進行，而且往往是在天氣惡劣的情況下展開。
在颱風襲港或其他天災期間，及至天災過後，飛行服務隊都會忙個不停。我們除了進行搜索及拯救外，還須負責載送政府人員到災區視察、調查財產與農作物的損失、空運供應品和把傷病者送到醫院。
颱風過後，飛行服務隊會四出查察，確認出急需援助的地區，以便在天氣轉好時出動救災。