飞行服务队的其中一项主要职责是进行搜索及拯救行动。虽然飞行服务队的职责范围涵盖香港以南1300公里的大部分南中国海，但其搜索及拯救行动主要集中在香港周围400公里以内的水域。
挑战者605型定翼机(CL605) 用于长距离搜索及救援行动，负责进行初步搜索。挑战者605型定翼机会首先抵达现场及作为搜救现场的空中指挥，以引领Airbus H175直升机到现场加入搜救行动。如果遇事地点超出Airbus H175直升机的搜救范围，挑战者605型定翼机会要求附近之商船提供协助。
至于近岸的搜救行动，飞行服务队的Airbus H175直升机都会经常在黎明或黑夜时分奉召搜索迷途或受伤的旅行或攀山人士。这些拯救工作，有时还要在新界的高山险岭、交通不便的地区或离岛各处，用吊升方法进行，而且往往是在天气恶劣的情况下展开。
在台风袭港或其他天灾期间，及至天灾过后，飞行服务队都会忙个不停。我们除了进行搜索及拯救外，还须负责载送政府人员到灾区视察、调查财产与农作物的损失、空运供应品和把伤病者送到医院。
台风过后，飞行服务队会四出查察，确认出急需援助的地区，以便在天气转好时出动救灾。